El 15 de febrero de 1842 llegó a esta población el general Francisco Morazán, con una escuadrilla de cinco veleros, denominado "El Cosmopolita", "El Cruzador", "La Isabela", "La Josefa" y "La Asunción". El 21 de marzo siguiente estableció su cuartel general, en la isla Martín Pérez, el Héroe Nacional de Centroamérica. Por Decreto Legislativo de 22 de junio de 1842, se erigió un Juzgado de 1ª Instancia para todos los negocios civiles y criminales en el puerto de La Unión. En los años de 1843 y 1844 (agosto) el buque de guerra "Chambote" y la corbeta "Daphne", respectivamente, ambas de nacionalidad inglesa, bloquearon el puerto de La Unión. A principios de febrero de 1845 el general Francisco Malespín, victorioso en su campaña contra Nicaragua, pero desconocido como presidente por un movimiento revolucionario acaudillado por el vicepresidente general Joaquín Eufrasio Guzmán, desembarcó con sus tropas en este puerto, al que llegaron a bordo de las goletas "Constitución", "Agustina" y "Carolina". El 21 de agosto del mismo año, el general hondureño Santos Guardiola puso sitio a esta plaza, que defendió el general Antonio Carballo, y el 27 del mismo mes, mediante la violación de un pacto, el atacante logró posesionarse de La Unión. Del 26 de octubre al 12 de noviembre de 1849 los buques ingleses bloquearon todos los puertos salvadoreños, incluso La Unión, y un año más tarde, en el 16 de octubre de 1850, el almirante de la escuadra inglesa señor Phipps Homby, por medio del comandante del buque de guerra inglés "Champion", notificó al comandante del puerto mencionado el "estado de bloqueo" a que era sometido por orden de su Majestad.
En el 4 de noviembre de 1853, se estableció el primer hotel del puerto, el Hotel de la Unión, bajo la dirección de José Monicucci.1 En el 27 de noviembre de 1853, a las tres de la mañana se incendió una pequeña casa de paja del Señor Don José Antonio Lechuga donde estaban depositadas 45 arrobas de pólvora, este distaba entre 5 y 6 varas de una casa de teja en que estaban 160 barrilitos de pólvora de media arroba cada uno propiedad del mismo. Esta casa distaba del pueblo 300 varas al poniente. Tocaron las campanas y el comandante del puerto J. E. Peralta dirigió una escolta al punto del incendio pensando que solo la casa de teja tenía pólvora pero cuando llegó fue informado por 2 personas que la cuidaban que la que estaba incendiada también tenía pólvora. Regresó para buscar al Señor Lechuga para informarse de la situación pero no lo encontró. Volvió al lugar del incendio, y allí encontró a los señores Don Hermenejildo Alvarado y Don Dolores Doña animando a 6 o 8 hombres que llegaron voluntariamente. Estos rompieron la puerta de la casa de teja, y sacaron los barriles de pólvora que colocaron alejados del fuego. Después se ocuparon de apagar el incendio. A las 4:30, por el trabajo de esos hombres, unos muchachos y 3 o 4 mujeres que acarreaban agua, el fuego ya había bajado. Llegaron al lugar del incendio el Juez de 1.ª Instancia Don S. Escobar, los Alcaldes Don F. Urros e Ines Valenzuela y los señores Don Atanasio Irizarri, Don Eugenio Oyárzum, Don Atanasio Guzman y R. Halker, quedando al cuidado de la aduana los señores Don Sebastian Bulues y Don José Cáceres mientras el Ayudante al mando de una escolta se ocupaba en hacer concurrir a la fuerza a los pocos vecinos que quedaron de los que no huyeron. Unos pocos vecinos acordaron dar una gratificación a los hombres y mujeres del pueblo que mas se distinguieron con su actividad en apagar el incendio. Contribuyeron con 25 pesos y a nombre del Gobierno, los señores administradores, contador, y el comandante.
El primer barco de vapor de la Compañía Centro-Americana de Navegación por Vapor llamado "El Primero" llegó al Puerto de La Unión en el 1 de enero de 1854 a las 3 de la tarde llevando 3 pasajeros con destino a San Juan del Sur.
